Tissue Image Center

Unser Tissue Image Center bietet umfassende Möglichkeiten zur Generierung und Analyse digitaler Schnittpräparate. Für Quantitative Imageanalysen nutzt unser interdisziplinäres Team aus erfahrenen Pathologen, Informatikern, Biologen und Image Analysten innovative Tools, eigene Entwicklungen und Künstliche Intelligenz.

Unser Labor zeichnet sich durch eine heterogene Scanner-Landschaft aus und umfasst sowohl Hochdurchsatz- als auch Einzelscangeräte. Darüber hinaus haben wir die Möglichkeit Fluoreszenzpräparate und polarisationoptische Schnittpräparate zu scannen und auszuwerten. Mit einem bildgesteuerten, automatisierten System sind wir in der Lage qualitativ hochwertige Tissue Microarrays herzustellen

Rasche ad-hoc Scanlösung für präzises Scannen von Einzelschnittpräparaten

Um einzelne Schnittpräparate rasch und unkompliziert digitalisieren zu können, z. B. für Screening oder sog. „First Look-Anwendung“, nutzen wir Geräte, die maximal zwei Objektträger scannen können. Die Geräte verfügen noch über eine Ähnlichkeit zu konventionellen Mikroskopen und haben die Möglichkeit des manuellen Objektivwechsels.

Wir nutzen diese Art Scanner in Projekten, welche hohe Präzision erfordern, da die Fokusebenen manuell festgelegt werden können. Projekte, in denen ungewöhnliche, insbesondere deckglaslose Eindeckmedien oder besonders dicke Schnittpräparate digitalisiert werden, können wir mit diesen Geräten ebenfalls optimal bearbeiten.

Klassische Hochdurchsatzanalysen

Klassische Projekte der 3D-Rekonstruktion, und der Histopathologie, bei denen neuronale Netze trainiert werden oder eine Vielzahl von Fällen digitalisiert werden müssen, bearbeiten wir mit Hochdurchsatzscannern. Diese Geräte sind in der Lage in einem überschaubaren Zeitraum hohe Mengen an Schnittpräparaten zu digitalisieren. Durch die automatische Fokusfestlegung oder die Definition einer Zahl beschränkter Fokuspunkte wird die Durchlaufzeit auch hoher Kontingente an Schnittpräparaten möglich. Bei Validierungsstudien oder Studien mit obligatorischer Scannerheterogenität haben wir die Wahl zwischen zwei unterschiedlichen Hochdurchsatzscannern.

Hochdurchsatzscanning für besondere optische Verfahren

Für Forschungsprojekte mit Fluoreszenzschnitten oder Fluoreszenz-in-situ Hybridisierung nutzen wir einen speziellen Hochdurchsatzscanner der neben Fluoreszenzen auch polarisationsoptische Schnittpräparate digitalisieren kann. Für besondere Fragestellungen können wir mit diesem Gerät auch Schnittpräparate bei 80-facher Vergrößerung und Ölimmersion digitalisieren.

Bildgesteuerte, automatisierte Tissue Microarray-Technik

Die Tissue Microarray-Technik erlaubt es in einem Paraffinblock eine große Zahl von Gewebeproben gleichzeitig zu untersuchen. Diese Technik eignet sich sehr gut für immunhistochemische Untersuchungen. In der translationalen Forschung benutzen wir Tissue Microarrays insbesondere zur Analyse von diagnostischen, prognostischen und praediktiven Biomarkern in Kohorten von Krebspatienten. Dabei werden aus Paraffinblöcken (sog. Spenderblöcke) unterschiedlicher Patienten Feinnadelstanzen entnommen und in einen sog. Empfängerblock transferiert. Die bildgesteuerte Identifizierung geeigneter Tumorareale aus dem sog. Spenderblock und die automatisierte, bildgesteuerte Stanzenentnahme ermöglicht eine hohe Präzision bei der Probenauswahl.

Trenn-Dünnschliff-Technik

Hartgewebe und implantierte harte Materialien bearbeiten wir in unserem Labor mit der Trenn-Dünnschliff-Technik. Dabei präparieren wir mit der Diamantbandsäge und Schleifsystemen die Proben ohne die Hartsubstanz oder die einliegenden Metallmaterialien zu entfernen.

Quantitative Image Analysen

Unser erfahrenes Team aus Pathologen, Biologen, Imageanalysten und Informatikern beherrscht innovative Methoden der klassischen Bildanalyse und KI-gesteuerter Algorithmen. Dabei modifizieren wir bestehende und entwickeln neue Analysemethoden für alle Arten von Whole Slide Images inklusive der 3D-Rekonstuktion. An insgesamt neun Arbeitsplätzen erforscht unser Team allein oder in interdisziplinären Kooperationen komplexe Datensätze der modernen Bildanalyse, von tumorassoziierter Angiogenese bis zur Prädiktion zytologischer Malignitätskriterien.